Rumah Sakit Umum Daerah Prof. Dr. W. Z. Johannes Kupang adalah RSUD Kelas B Pendidikan sesuai Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor: HK.02.03/I/0765/2015 tentang Penetapan RSUD Prof. Dr. W. Z. Johannes Kupang sebagai Rumah Sakit Pendidikan. RSUD Prof. Dr. W. Z. Johannes Kupang merupakan milik Pemerintah Provinsi Nusa Tenggara Timur yang beralamat Jl. Dr. Moch. Hatta No. 19 Kota Kupang dengan jangkauan pelayanan untuk masyarakat Wilayah Nusa Tenggara Timur. Mengacu pada Peraturan Gubernur Nusa Tenggara Timur Nomor 45 Tahun 2010 maka mulai menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah (PPK-BLUD). Badan Layanan Umum Daerah adalah Satuan Kerja Perangkat Daerah di lingkungan Pemerintah Daerah yang dibentuk untuk memberikan pelayanan kepada masyarakat berupa penyediaan barang dan jasa yang dijual tanpa mengutamakan mencari keuntungan, dan dalam melakukan kegiatannya didasarkan pada prinsip efisiensi dan produktivitas. Tujuan utamanya adalah meningkatkan kualitas pelayanan kesehatan kepada masyarakat untuk mewujudkan penyelenggaraan tugas-tugas Pemerintah Provinsi Nusa Tenggara Timur dalam mewujudkan kesejahteraan umum melalui peningkatan derajat kesehatan masyarakat.
Pemerintah Belanda pada tahun 1941 mendirikan rumah sakit darurat kecil yang berlokasi di kawasan Bakunase (sekarang SD Negeri I Bakunase), yang berfungsi memberikan pelayanan kesehatan kepada masyarakat kota kupang maupun pemerintah penjajah. Dokter pertama kali yang menangani rumah sakit tersebut adalah dokter Habel, seorang warga negara Belanda.
Tahun 1942 terjadi peralihan kekuasaan dari pemerintah penjajah Belanda ke pemerintah penjajah Jepang. Rumah sakit darurat kecil diambil alih oleh pemerintah Jepang, semua fasilitas dan tenaga medis dari pihak Belanda tetap dimanfaatkan termasuk dr Habel. Sempat dipindahkan ke Naikoten (sekarang rumah jabatan Kapolda NTT) dengan alasan mudah dijangkau oleh masyarakat kota. Pemindahan lokasi tersebut tidak bertahan lama akhirnya kembali ketempat semula.
Pada 1952 atas prakarsa Residen Mr.Amalo, rumah sakit darurat kecil di kawasan bakunase dipindahkan ke bekas gedung kesatuan Brigadir Mobil (BRIMOB) yang terletak dikawasan Oetete (sekarang RSUD Prof.Dr.W.Z.Johanes Kupang) dengan nama rumah sakit kuanino. Pada tanggal 5 juli 1959 Presiden Soekarno mengeluarkan dekrit, saat itulah segala kegiatan rumah sakit kuanino diambil alih Pemerintah Daerah Tingkat I Nusa Tenggara Timur dengan mendapat bantuan dari Departemen Kesehatan Republik Indonesia.
Nama Rumah Sakit Kuanino ini kemudian atas kesepakatan DPRD Tingkat I Nusa Tenggara Timur pada tanggal 12 November 1970 diganti dengan nama seorang pahlawan nasional bangsa Indonesia asal Nusa Tenggara Timur yang berkecimpung dibidang kedokteran yaitu Prof.Dr.W.Z.Johannes. Kemudian nama ruamah sakit umum tersebut dikenal dengan nama “Rumah Sakit Umum Prof.Dr.W.Z. Johannes Kupang”.
Nama-nama yang pernah menjabat Direktur RSU Prof.Dr.W.Z.Johannes Kupang:
- dr.Habel (1941 – 1952 )
- dr. Ouster Heeg (1952 – 1955)
- dr.De Yongen (1955 – 1960 )
- dr.Medle Cop ( 1960 – 1963 )
- dr.Hadi Triyadi (1962 – 1971 )
- dr. Ben Mboi,MPH (1971 – 1974 )
- drg.Ny.B. Widya (1974 – 1978 )
- dr.H.Fernandez (1978 – 1979 )
- dr.Hamid Melawa (1979 – 1985 )
- dr.Hendrik Roman Klaran (1985 – 1988 )
- dr.Husein Pancratius R (1988 – 2001 )
- dr.E.H.J.Mooy (2001 – 2006 )
- dr.Y.A. Mitak, MPH (2006 – 2008 )
- dr.Alphonsius Anapaku,Sp.OG (2008 – 2015)
- drg. Dominikus Minggu Mere, M.Kes (2015 – 2018)
- Dr. drg. Mindo E. Sinaga, M.Kes (2019- Sekarang)