Layanan rawat jalan / Instalasi Rawat Jalan RSUD Prof. Dr. W. Z. Johannes Kupang dikelompokan dalam 4 (empat) kelompok klinik spesialis yaitu klinik spesialis dasar, klinik spesialis lain, klinik sub spesialis dan klinik khusus

Klinik Spesialis Dasar : Klinik Penyakit Dalam, Klinik Anak, Klinik Bedah & Klinik Kebidanan dan Penyakit Kandungan

Klinik Spesialis Lain : Klinik Mata, Klnik Telinga Hidung dan Tenggorokan, Klinik kulit dan Kelamin, Klinik Syaraf, Klinik Kesehatan Jiwa, Klinik Rehabilitasi Medik, Klinik Jantung, Klinik Paru, Klinik Urologi, Klinik Bedah Syaraf, Klinik Orthopedi, Klinik Gigi Bedah Mulut, Klinik Konservasi Gigi & Klinik Gigi dan Mulut

Klinik Sub Spesialis : Klinik Onkologi Terpadu & Klinik Fertilitas Endokrin dan Reproduksi

Klinik Khusus : Klinik Khusus DOT’S TB, Klinik Khusus TB MDR, Klinik Khusus Pelayanan HIV (VCT) & Klinik Khusus PKT PA